Cocoa探検隊によると、１つのコントローラが複数のNibファイルをロードすると、awakeFromNibの関係で不具合を起こすそうです。
あまり考えたこともなかったけど、言われて見れば確かにそうなるなぁ〜。
ADCに掲載されているドキュメントアーキテクチャによれば、１つのNibファイルに対し、１つのNSWindowControllerオブジェクトを関連させるのが、Cocoa流のやり方らしい。
NSWindowControllerは、わざわざ使う必要もないな〜と、いままで思っていましたが、これでいくと、複数のNibファイルを作ったら、必ず必要になるということなんですね。